Praedinius Gymnasium
Het Werkman College en het Praedinius Gymnasium hebben als centrumscholen een samenwerkingsverband. Er wordt een aantal gemeenschappelijke activiteiten aangeboden aan leerlingen, zoals een gezamenlijk dansproject in klas 1, maar ook beginnerscursussen Spaans voor bovenbouwleerlingen. Zo kunnen activiteiten worden geprogrammeerd die de scholen afzonderlijk minder goed zouden kunnen realiseren.

Leerlingen die in Brugklas 1 uitzonderlijk goed presteren en alsnog graag naar het gymnasium willen, kunnen worden begeleid om een overstap te maken. Aan de andere kant kunnen leerlingen van het Praedinius te allen tijde instromen op het Werkman College. De schoolleiding van beide scholen heeft het voornemen de komende jaren de samenwerking te intensiveren.

Neues Gymnasium
Het Werkman College heeft een partnerschool in Duitsland: Het Neues Gymnasium in Oldenburg. Er vinden over en weer frequent bezoeken plaats van leerlingen, ouders en medewerkers. Daarbij staan gemeenschappelijke educatieve activiteiten op het programma.

Overige contacten
Andere samenwerkingsverbanden zijn er met het Prins Claus Conservatorium, Academie Minerva, de Muziekschool, het Noorderpoortcollege, het ondernemerstrefpunt, de Noordelijke Hogeschool Leeuwarden, de Hanze Hogeschool, de stichting Technasium en de RUG.