Algemeen
Het Atheneumdiploma geeft toegang tot universiteiten en hogere beroepsopleidingen. De opleiding beslaat na de Brugperiode nog vier leerjaren.
 
Voor alle leerlingen van Atheneum 4, 5 en 6 geldt het programma van de Tweede Fase waarin studielasturen (slu) een sleutelbegrip vormen. Een leerling kan pas aan het Centraal Examen deelnemen als er in de drie leerjaren een programma van vakken en activiteiten is afgewerkt van 4800 slu. Ongeveer 60% daarvan wordt op school gedaan, de rest thuis.

Vakken
In de Nieuwe Tweede Fase volgen leerlingen een aantal verplichte vakken in het gemeenschappelijk deel: Nederlands, Engels, maatschappijleer, culturele en kunstzinnige vorming (CKV), algemene natuurwetenschappen (ANW) of onderzoeken en ontwerpen (O&O) en lichamelijke opvoeding. Daarnaast moet er een keuze worden gemaakt uit vier profielen: Cultuur en Maatschappij, Economie en Maatschappij, Natuur en Gezondheid of Natuur en Techniek. Bij elk profiel hoort een vast pakket van vakken, het profieldeel. Tot slot moet het pakket nog worden uitgebreid met een extra profielkeuzevak, een keuze-examenvak en in het geheel vrije deel met enkele activiteiten die door de school verplicht gesteld zijn, zoals een excursie en een stage, die elk een week beslaan (zie ook bijlage 1).

Mentoraat
De leerlingen in Atheneum 4, 5 en 6 krijgen zoveel mogelijk een mentor van wie ze ook les hebben. Het mentoraat is in de bovenbouw weer iets meer op afstand dan in Atheneum 3: de leerling wordt langzaamaan een zelfstandige, verantwoordelijke ‘student’.

Toetsing
De toetsing in Atheneum 4 en 5 geschiedt aan de hand van proefwerkroosters en in Atheneum 6 middels SE-roosters (zie verder hoofdstuk 10).

Rapportage
In Atheneum 4 en 5 is het jaar in 4 proefwerkperiodes ingedeeld. Na de periodes 1 en 3 is er een tussenbalans; op basis daarvan is er voor de ouders de mogelijkheid een gesprek te voeren met de mentor. Na periode 2 wordt een rapport uitgedeeld waarna de ouders met de vakdocenten kunnen spreken. Na periode 4 is de eindrapportage. In Atheneum 5 kan het onafgeronde eindcijfer meetellen als SE-cijfer voor het eindexamen.
In Atheneum 6 worden geen rapporten uitgedeeld. Wel wordt er 3 keer per jaar een overzicht van de SE-cijfers meegegeven. 

Excursies
In Atheneum 5 starten de leerlingen met een excursie naar Praag.